У лістападзе 1823 г. ён быў арыштаваны па справе філаматаў і філарэтаў. Пасля працяглага следства праз хадайніцтва дзядзькі быў вызвалены з-пад варты і высланы пад нагляд паліцыі ў вёску. Калі ж пачалося паўстанне 1831 года, «найлепшы ў Літве аканом» далучыўся да паўстанцкага войска генерала Д. Хлапоўскага. Простым жаўнерам кавалерыйскага эскадрону, а пасля і палкавым ад’ютантам Ігнат Дамейка ўдзельнічаў у бітвах пад Коўнам, Шаўляем. Пасля паражэння паўстання Ігнат Дамейка быў інтэрнаваны ў Прусіі, адкуль і пачаліся ягоныя эмігранцкія вандраванні па Нямечыне і Францыі, дзе ён наведваў лекцыі ў Сарбоне і вучыўся ў парыжскай Горнай школе. На запрашэнне ўраду Чылі ён у 1838 годзе паехаў выкладаць хімію і мінералогію ў гімназіі горада Какімба. Падпісаў кантракт на 6 гадоў, але пражыў у Чылі амаль паўвека, даследуючы геалогію гэтай краіны, навучаючы першае вольнае пакаленне маладой рэспублікі.