4-16 сентября 1999 года, через месяц после его назначения на пост директора ФСБ России, на территории России произошла серия крупных терактов (взрывы жилых домов в Буйнакске, Москве и Волгодонске). Организаторами этих преступлений власти объявили чеченских сепаратистов, никто из которых, однако, ответственность за теракты на себя не взял. Тем не менее, взрывы домов стали основанием для начала второй чеченской кампании.
Указом Президента Российской Федерации («закрытым») от 15 марта 2000 года (по другим данным от 14 января 2002 года) за мужество и героизм, проявленные при выполнении специального задания, генерал-полковнику Патрушеву Николаю Платоновичу присвоено звание Героя Российской Федерации с вручением знака особого отличия – медали «Золотая Звезда» (предположительно № 593).