На выборах в Государственную думу третьего созыва (см. ГОСУДАРСТВЕННАЯ ДУМА третьего созыва) в декабре 1999 года КПРФ заняла первое место, получив 16,2 млн. голосов (24,29%, 67 мандатов), еще 46 кандидатов партии были избраны в одномандатных округах. В Государственной думе третьего созыва при помощи КПРФ была образована Агропромышленная депутатская группа во главе с Харитоновым. На президентских выборах в марте 2000 года кандидат НПСР и КПРФ Зюганов занял второе место (29,21% против 52,94% у Путина).