В 1361 армия Тоглук-Тимура вновь вернулась в Среднюю Азию и выбила вернувшегося в Кеш Хаджи. Тимур был назначен главой Кашкадарьинского вилайета и помощником Ильяса-ходжи сына и наместника хана Тоглук-Тимура в Мавераннахре. Вскоре Тимур порвал с ними и заключил союз с их соперником Хусейном, эмиром Самарканда и Балха, женившись на его сестре. Оба эмира с небольшим отрядом сторонников вели жизнь искателей приключений и совершали с переменным успехом многочисленные набеги на соседей. В 1362 во время налета на Сеистан (юго-запад современного Афганистана) Тимур лишился двух пальцев на правой руке, был ранен в правую ногу и охромел (в связи с этим он получил прозвище "Тимур-ленг", по-персидски "Хромой Тимур", искаженное европейцами как "Тамерлан"). В 1364 монгольские армии ушли из Мавераннахра, власть в стране захватил Хусейн, а Тимур снова возглавил Кашкадарьинский вилайет.