Помимо Чивыркуя, в состав парка входят неповторимые по своей красоте природные комплексы: полуостров Святой Нос, южная часть Баргузинского хребта, Ушканьи острова. Научная экспедиция не оставит без внимания и район Ушканьих островов, расположенных в средней части Байкала, в 7 км к западу от полуострова Святой Нос. Общая площадь архипелага, состоящего из островов Большого, Тонкого, Круглого и Долгого, - всего 10 км2. Все они являются возвышающимися над водой вершинами Академического хребта, лежащего на дне Байкала. Ушканьи острова, привлекательные своей дикой живописностью, отличаются уникальной флорой и фауной. На Большом острове сохранился первозданный лес из высоких лиственниц и сосен. Здесь встречаются необычные деревья: ушканья береза с черной корой и даурская лиственница с бутылкообразным утолщением ствола. Одно из интереснейших явлений Ушканьих островов - муравейники.