Отряд Зелимхана начал фактически партизанскую войну против властей. Против него были брошены отряды регулярной армии. В селах, которые укрывали абреков, проводились жестокие "зачистки". Начались преследования родственников Зелимхана: были убиты его брат и отец, арестованы его жена и дети. За голову легендарного абрека царское правительство назначило 5000 рублей, а впоследствии эта сумма была увеличена до 18000 рублей. Но ничто не смогло сломить Зелимхана и он продолжал свою борьбу.
В апреле 1906 года он убил начальника Грозненского округа подполковника Добровольского. В 1908 году — начальника Веденского округа полковника Галаева, за то он хотел осуществить антикрестьянские проекты по землеустройству, что вызвало в Чечне массовое недовольство. В январе 1910 — совершил налет на Грозненский вокзал и увёз из кассы 18000 рублей. Приказом по Терской области властями был сформирован «временный охотничий отряд» во главе с войсковым старшиной Вербицким для уничтожения Зелимхана и его соратников.
Несомненно, Зелимхан не был лишен определённых качеств организатора, патерналистского притяжения для сподвижников и в какой-то мере благородства. Он ценил мужество и в отдельных случаях, восхищаясь храбростью русских офицеров, преследовавших его отряды, проявлял великодушие даже к ним, если они при каких-либо обстоятельствах попадали к нему в плен. Соблюдая в обращении с ними вековые обычаи горского гостеприимства, он оставлял им личное оружие во время бесед и оберегал от своих, не допуская расправы. Однажды во время гастролей по Северному Кавказу в заложники к Зелимхану попал знаменитый певец Федор Шаляпин. Когда Зелимхан узнал, кто попал к нему в руки он попросил его просто спеть. Когда Шаляпин спел, растроганный до слез абрек отпустил его на свободу.
Также великодушно он относился и к горской бедноте, невзирая на национальность и вероисповедание обездоленного. Причём таким он оказывал всяческое содействие, покровительствовал и защищал их. Объектом же своей мести Зелимхан всегда выбирал офицеров и представителей власти, которые проявляли необузданную прыть в угнетении народа. Так, в октябре 1905 года в отместку за 17 расстрелянных войсками на Грозненском базаре мирных жителей он расстрелял такое же количество пассажиров-офицеров из остановленного им поезда. Зелимхан искренне верил, что только месть могла угомонить распоясавшихся преступников, пользующихся вседозволенностью и безнаказанностью